Unit Audit Dalam, Pejabat Setiausaha Kerajaan Negeri Perlis telah ditubuhkan pada awal Januari 2005 selaras dengan perkembangan dalam Kerajaan Pusat yang memutuskan bahawa perlaksanaan Audit Dalam perlu diwujudkan di setiap kerajaan negeri melalui Pekeliling Perbendaharaan Bil. 9 Tahun 2004 disebabkan teguran daripada Ketua Audit Negara mengenai kelemahan dalam pengurusan kewangan di pejabat-pejabat kerajaan negeri diulangi setiap tahun seolah-olah tiada diambil tindakan dan pemantauan yang sewajarnya.

Pejabat Setiausaha Kerajaan Negeri Perlis telah menerima kelulusan perjawatan Bil. 9 Tahun 2004 untuk penubuhan Unit Audit Dalam melalui surat kelulusan bertarikh 5 Mei 2004 daripada Perbendaharaan Malaysia, Kuala Lumpur. Mesyuarat Jawatankuasa Kewangan dan Pentadbiran telah bermesyuarat pada 22 Julai 2002 dan telah meluluskan pengisian perjawatan tersebut di peringkat negeri.

Unit Audit Dalam, Pejabat SUK Negeri Perlis merupakan sebuah entiti yang bebas dan bertanggungjawab terus kepada YB Setiausaha Kerajaan Negeri. Unit ini berperanan menjalankan pengauditan di Jabatan-Jabatan Negeri Perlis mengikut perancangan audit yang telah ditetapkan serta arahan-arahan daripada YB Setiausaha Kerajaan Negeri dari semasa ke semasa.